Theo quyết định trên, Khu kinh tế Nam Phú Yên có hai khu chức năng chính là khu phi thuế quan và khu thuế quan, là một trong những trung tâm giao thương quốc tế, trung tâm công nghiệp, cảng biển, dịch vụ, đô thị lớn, cửa ngõ quan trọng của khu vực Nam Trung bộ, Tây nguyên... Nhà đầu tư được hưởng nhiều chính sách ưu đãi khi đầu tư vào khu kinh tế này.
Theo qui hoạch, khu kinh tế Nam Phú Yên có diện tích tự nhiên 20.730ha bao gồm phường Phú Lâm (TP Tuy Hòa) và các xã Hòa Tâm, Hòa Hiệp Bắc, Hòa Hiệp Trung, Hòa Hiệp Nam, một phần các xã Hòa Xuân Nam, Hòa Xuân Đông, Hòa Vinh (huyện Đông Hòa), tập trung các nhà máy cơ sở sản xuất nằm trong khu thuế quan.
Ngoài Khu công nghiệp Hòa Hiệp hiện nay, Khu kinh tế Nam Phú Yên sẽ có thêm 5-6 khu công nghiệp khác được hình thành gồm các khu công nghiệp lọc dầu, hóa dầu, hóa chất (trọng tâm là Khu công nghiệp hóa dầu Hòa Tâm rộng 1.300ha, thu hút khoảng 11 tỉ USD đầu tư), khu công nghiệp cơ khí (nòng cốt là nhà máy đóng mới, sửa chữa tàu biển có thể đóng tàu 10.000 DWT), các khu công nghiệp sản xuất vật liệu xây dựng, hàng tiêu dùng, khu công nghiệp đa năng.
